A Secretaria é uma atividade que faz parte da Diretoria de Manutenção, sendo a comissão responsável por administrar o ambiente físico do PET-EQ. Nisto estão incluídas tarefas como levantar orçamentos para reforma de móveis, solicitar consertos na sala, compra de materiais, manutenção dos computadores, e demais tarefas semelhantes.
As comissões são trocadas bimestralmente, de modo que todos os petianos em algum momento fazem parte da atividade. Dessa forma, a sala está sempre em ordem para que os petianos realizem suas atividades e que externos sejam recebidos.